Ubisoft Montreal memimpin pembangunan permainan, dengan bantuan dari studio Ubisoft lain di pelbagai bahagian dunia. Pasukan di Montreal sebelum ini terlibat dalam pembangunan Assassin's Creed Revelations dan Assassin's Creed IV: Black Flag. Proses pembangunan ini bermula selepas penyiapan Black Flag dan berlangsung selama kira-kira empat tahun. Peranan penting dalam membentuk peta dan pencarian permainan dimainkan oleh Ubisoft Sofia dan Ubisoft Singapore. Sofia bertanggungjawab untuk elemen makam dan piramid permainan, manakala Singapura fokus pada penciptaan pertempuran laut. Jean Guesdon dan Ashraf Ismail, yang berdua telah bekerja dalam Black Flag, kembali sebagai pengarah permainan.[31] Hampir 1,000 orang terlibat dalam pembangunan permainan ini, tetapi hanya 300 daripadanya berasal dari studio Montreal.[32] Ubisoft menggambarkan model pembangunan ini sebagai "pembangunan bersama," di mana studio sokongan memiliki lebih banyak kebebasan dan peranannya lebih penting terhadap keseluruhan permainan berbanding dengan ansuran sebelumnya dalam siri ini. Menurut Ismail, model pembangunan bersama membolehkan setiap kawasan dalam dunia permainan menjadi unik.[33] Walaupun demikian, studio Montreal menetapkan beberapa panduan yang perlu diikuti oleh semua studio, seperti batasan jarak untuk pencarian. Contohnya, hanya satu misi "lucu" dan satu misi pembasmian yang dibenarkan untuk setiap kawasan habitat.[34] Matlamat Ubisoft adalah untuk memodenkan siri ini.[35]

Mesir Kuno merupakan salah satu pilihan yang paling diminati oleh peminat siri ini, namun Ubisoft menolak idea tersebut. Pengarah kreatif Assassin's Creed III, Alex Hutchinson, menyifatkan Mesir Kuno—bersama-sama dengan dua pilihan tetap lain, Jepun Feudal dan Perang Dunia II—sebagai "pilihan terburuk" untuk latar belakang.[36] Walau bagaimanapun, dalam temu bual kemudian, Ismail menyatakan bahawa Mesir adalah persekitaran yang diinginkan oleh pasukan dan mengesahkan permintaan peminat.[37] Beliau yakin bahawa Ubisoft sebelum ini tidak memilih Mesir disebabkan oleh had teknologi. Tahun 49 SM dipilih sebagai latar permainan kerana ia mencerminkan "pertembungan tamadun yang mengagumkan". Kebudayaan Mesir berkembang maju tetapi hampir runtuh, sementara pengaruh kuat Rom dan Yunani mempengaruhi Mesir, mencapai kemuncak dengan penaklukan oleh Empayar Rom selepas peristiwa dalam permainan. Ismail menggambarkan latar belakang ini sebagai "epik" kerana ia menggambarkan "kematian satu dunia, [dan] kelahiran dunia baru". Awalnya, pasukan itu memulai dengan peta dunia dari Bendera Hitam dan mengubah semua badan airnya menjadi daratan. Dengan peta yang sangat besar, mereka perlu mengisinya dengan konten yang bermakna, sehingga elemen permainan peranan dan pencarian dimasukkan ke dalam permainan. Teka-teki, perburuan, dan pos tentera ditambahkan untuk memudahkan pemain menjelajahi dunia permainan.[38] Sistem pertempuran permainan diubah sepenuhnya, karena pembangun ingin memberikan pemain lebih banyak kebebasan dalam memilih.[39] Untuk pertama kalinya, tingkat kesulitan diperkenalkan ke dalam siri ini untuk memastikan pertempuran dapat diakses.[40]

Studio itu berbincang dengan pakar Mesir dan ahli sejarah, serta mendapat perjanjian dengan universiti untuk memastikan pakar dalam subjek tersebut dapat memberikan maklumat dan penyelidikan kepada pasukan. Selain daripada merekrut ahli sejarah dalaman, mereka juga berbincang dengan ahli akademik seperti Jean-Claude Golvin untuk meletakkan mercu tanda dalam dunia permainan dan mencipta semula lukisan purba. Ahli sejarah turut terlibat dalam proses kreatif permainan. Sebagai contoh, Evelyne Ferron, salah seorang perunding permainan, meyakinkan Ubisoft untuk mengubah suai adegan yang memaparkan mumia awam di kuil kerana adegan tersebut bertentangan dengan "mentaliti Mesir" pada masa itu.[41] Tatabahasa Mesir Alan Gardiner: Menjadi Pengenalan kepada Kajian Hieroglyphs berfungsi sebagai asas untuk bahasa yang dituturkan oleh NPC, walaupun pasukan juga menggunakan karya James Allen dan Raymond Faulkner. Matlamatnya bukan untuk mencipta versi Mesir yang tepat dari segi sejarah, tetapi untuk menjadikan Mesir sebagai persekitaran yang autentik.[42] Pasukan itu menonton filem dan siri TV untuk melihat bagaimana Mesir purba digambarkan dalam budaya pop, dan menyesuaikan permainan apabila mereka merasakan tumpuan pada sejarah telah menghalang permainan dan hiburan.[43] Beberapa bandar yang ditampilkan dalam permainan adalah lebih besar daripada yang asalnya kerana pembangun "ingin mencipta skala pharaonic ini di tempat seperti Alexandria dan Memphis". Ismail menambah, jika sesuatu peristiwa itu didokumentasikan dengan baik, pelukis akan mengikut kata sepakat ahli sejarah. Walau bagaimanapun, bagi bahagian yang tidak dikaji dengan baik, mereka akan membentuk dan menciptanya sendiri.

Pasukan ini juga berusaha untuk menjadikan dunia permainan lebih menarik. Untuk mencapai matlamat ini, studio menambahkan elemen pasir bergerak dalam permainan, dan pemain akan mengalami ilusi mata jika mereka kekal terlalu lama dalam keadaan panas. Bandar ini direka dengan corak yang unik yang mencerminkan warisan asalnya. Semasa mereka membina Alexandria, inspirasi diambil dari Pergamon, Turki, yang reka bentuknya menyerupai Alexandria purba. Walaupun kebanyakan lokasi adalah hasil karya tangan, seniman dan pengaturcara menggunakan generasi prosedur untuk mengisi kawasan luas dengan batu, rumput, dan pokok. Peta mini pada paparan utama (HUD) telah digantikan dengan kompas, kerana mereka percaya bahawa ini membuat HUD kurang mengganggu dan memberi dorongan kepada pemain untuk meneroka.[44] Bagi menjadikan dunia lebih dinamik, pasukan telah melaburkan banyak masa dalam membentuk kecerdasan buatan untuk watak yang tidak boleh dimainkan, memastikan mereka mempunyai rutin harian seperti bekerja pada siang hari dan tidur pada malam hari. Pemberi misi berpindah-pindah dan tidak kekal dalam lokasi tetap, dan pemain dapat memilih waktu dalam sehari untuk menyelesaikan sasaran mereka.[45] Puak juga memberikan tindak balas yang berbeza terhadap pemain.[46]

Alain Mercieca telah dijemput untuk berkhidmat sebagai pengarah naratif permainan itu selepas pengarah sinematik melihat salah satu "lakonan punk" beliau yang dipanggil Squeegee Nights.[47] Watak utama, Bayek, lebih berpengalaman dan matang daripada protagonis lain dalam siri ini.[48] Ismail menggambarkan Bayek sebagai protagonis "reaktif", yang boleh meluahkan pelbagai emosi. Bayek, sebagai Medjay dari Siwa Oasis, sebuah perkampungan tradisional di Mesir, merangkumi cara hidup lama dan tradisi Mesir. Mengambil kira bahawa Mesir hampir diilhamkan oleh Empayar Rom dalam permainan, Bayek mesti mengetahui "apa yang dia perlu lakukan, apa yang dia perlu menjadi". Usaha peribadinya akan membawa akhirnya kepada pembentukan Ikhwan Assassin. Abubakar Salim, yang pada mulanya diberitahu bahawa dia sedang mengikuti uji bakat untuk siri TV animasi yang memerlukan tangkapan gerakan, menyuarakan Bayek.[49] Pada tahun 2020, laporan daripada Bloomberg mendakwa bahawa Ubisoft, khususnya jabatan pemasaran dan Ketua Pegawai Kreatif Serge Hascoët, telah cuba meminimumkan peranan pembunuh upahan wanita dalam beberapa permainan Assassin's Creed. Pada awalnya, Bayek dijangka akan cedera atau terbunuh pada awal permainan, dan watak utama yang boleh dimainkan akan menjadi Aya.[50] Pelakon Alix Wilton Regan menyuarakan suara Aya.[51]